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담배 회사에 불리한 증언을 하려던 사람이 불가사의하게 죽고, 이와 유사한 사건이 연속적으로 일어납니다.

북 캘리포니아 윈스턴-살렘. 스키너는 다음날 법정 증언을 해야 하는 스코비 박사를 경호하고 있습니다. 스코비 박사는 몰리 연초에 해가 되는 증언을 하기로 되어있었기에 생명의 위협을 받고 있었고, 스코비 부인은 굳이 이렇게까지 증언을 해야 하느냐면서 불만이지만 스코비 박사는 꼭 해야만 한다고 합니다. 스코비 박사는 간간이 기침을 하고, 물을 가져다 주자 한 모금 마시고 자러 들어갑니다. 그런데 물잔에 피가 섞여있고, 벌레 한 두 마리가 떠 있습니다.
밤에 스코비 부인은 잠에서 깨어나고, 화장실에 들어간 남편이 나오지 않자 스키너가 들어가 봅니다. 욕실 바닥에 스코비 박사가 쓰러져 있고, 입 주변이 마치 부식하거나 뜯어 먹힌 것 처럼 되더 있습니다.

국장의 특별 지시로 경호를 담당했던 스키너는 난감해지고, 멀더와 스컬리를 불러 사건을 도와달라고 합니다. 멀더와 스키너는 몰리 회사를 찾아갑니다. 그런데 몰리 사에서는 계속 회사 기밀조항이라며 티껍게 행동합니다. 스코비의 동료였던 보스 박사를 찾아가는데, 보스 박사에게 질문만 해도 계속 '회사 기밀 보호' 운운하자 스키너는 열받아 버리고, 몰리에서는 아예 영장을 가져오라며 보스 박사를 데려가려 합니다. 멀더는 스코비 박사 집에서 나온 벌레를 보여주며 뭐냐고 묻자 담배벌레라고 답하는데, 몰리 회사 안전 관리 담당자가 왜 그런걸 물어보냐고 하자 멀더는 사건 성격상 'FBI 기밀'이어서 말 못한다며 한 방 먹입니다.

그날 밤, 보스 박사에게 한 허름하게 차린 남자가 다가옵니다. 보스 박사는 그 남자를 보더니 매우 경계하고, 다릴 위버라는 그 남자는 스코비가 죽었으니 담배를 앞으로는 여기서 얻어가겠다고 합니다.

스코비 박사의 시신에서는 어떤 화학 물질도 나오지 않고, 기도가 마치 다진 고기처럼 짓이겨졌다는 것, 그리고 직접 사인은 호흡곤란이라는 것이 나옵니다.
한편, 다릴 위버의 옆방에 사는 남자는 담배연기에 죽겠다며 짜증에 짜증을 내는데, 갑자기 심하게 기침을 하며 쓰러집니다. 위버는 이에 상관도 않고 계속 담배만 피우는데, 옆 집 남자는 이미 죽어있고 사방엔 온통 담배벌레가 뒤덮여 있습니다.

또다른 시체가 나오는데 전혀 몰리 사와 상관이 없자 스코비 박사는 살해된 것이 아닐지도 모른다는 가능성이 생기고, 스컬리는 담배벌레에 기생하는 박테리아가 문제일 수도 있다고 말합니다. 이에 다들 아파트 전체를 수색하기 시작합니다. 멀더는 옆방 남자를 심문하는데 다릴 위버입니다. 담배를 피워 문 위버는 협조하는데 돈을 주지 않는다는 말을 듣더니 모르겠다며 나가라고 합니다.
멀더는 보스 박사를 찾아가 또 사람이 죽었으며 사실을 말하라고 하지만, 보스는 안정된 생활을 누리고 있었고 가족 때문에 증언하는 것을 거부합니다. 멀더가 가자 마자, 보스 박사에게 담배회사에서 시킨 사람이 전화를 걸어옵니다. 감시자는 보스에게 위버가 어딨느냐고 하지만 보스는 끝까지 모르겠다고 합니다.

스컬리와 스키너는 리비 낸스라는 곤충학자를 찾아가는데, 낸스는 이러한 기형 담배벌레는 처음 본다고 말합니다. 유전적 변종일 수 있다는 가능성에 스컬리는 혹시 이 벌레가 게놈 변형법으로 생산된 것이 아닐까 의심합니다.

보스 박사는 위버를 찾아가 돈을 주며 도망가라고 합니다. 그러나 위버는 이제서야 담배도 마음껏 피우고 돈도 생기는데 왜 도망가느냐며 말을 듣지 않습니다. 위버는 조용하게 담배 피워도 되느냐고 말하고, 보스가 새파랗게 질리자 겁쟁이라며 자기 일은 자기가 할 테니 걱정 말라며 내쫓아버립니다.
위버의 옆집에서 죽은 남자를 검시하자, 왼쪽 폐에서 애벌레 수천마리가 나옵니다. 멀더는 몰리 회사의 서류를 압수하게 해 달라고 법무부에서 씨름만 하다가 돌아옵니다. 벌레가 폐 속에서 알을 까고 나와 사망에 이른 것이라는 말을 하는 와중, 멀더가 심하게 기침을 하다 보니, 각혈을 하고 있습니다.
멀더의 폐에서 애벌레 수천마리가 나오기 시작하는데, 허파꽈리마다 알이 수십 수백개가 아직 부화하지 않은 채 있었고, 모든 것은 시간 문제가 됩니다.

스키너는 영장을 발부받아 몰리 회사에 들어옵니다. 보스 박사에게 정황을 묻자, 마침내 보스는 사실을 털어놓습니다. 담배 중독을 못 끊을 바엔 독성이 없는 담배를 만들자는 목적 아래 신제품을 개발했는데, 피실험자 네 명 중 세 명이 죽었다는 것입니다. 그리고 스코비 역시 그때 감염되었다는 것입니다.
단 한 명의 생존자가 바로 다릴 위버라는 사실에 스키너는 다시 모텔을 수색하지만 위버는 없고 웬 남자가 입에 재갈이 물린 채 묶여있습니다. 보스는 자기를 감시하던 자라고 말해주는데, 스키너가 재갈을 풀어주자, 그 남자의 입에서 담배벌레 수천마리가 한꺼번에 기어나옵니다.
한편 위버는 자기를 죽이러 온 자의 자동차를 타고 주유소로 갑니다. 그러나 주유소 옆이건 금연구역이건 상관없이 담배를 피워대는데 수퍼마켓에는 자기가 찾는 담배가 없자 툴툴거립니다. 그런데 경찰이 위버의 자동차를 검사하자 도망가 버립니다.

한편, 멀더는 점점 더 상태가 악화되고, 의사는 절개술을 해야 한다고 하지만 스컬리는 지금같이 몸이 쇠약한 상태에서는 안된다고 반대합니다. 그러나 시간은 더 촉박해질 뿐입니다.
한편 스키너는 보스 박사의 부인에게 찾아가는데, 보스 박사의 부인은 남편이 오지 않았다고 말합니다. 다시 몰리 회사로 간 스키너는 보스가 머리를 맞아 쓰러진 것을 봅니다. 그리고 다릴 위버가 담뱃갑을 바리바리 싸들고 가는 것을 멈춰 세웁니다. 더 이상 사람을 해치지 말라고 하지만 위버는 본래 담배는 사람 죽이는 거라면서 태연히 담배를 피워 뭅니다. 스키너는 쏘겠다고 하지만 위버는 여전히 별 상관없다는 태도로 나가버리려고 합니다. 마침내 스키너는 위버의 어깨를 쏴 버리고, 담배를 밟아 꺼 버립니다.

병원에 실려온 위버를 점검하던 스컬리는 위버의 손가락이 담배에 쩔어있는 것을 보더니 메틸 피롤리디닐 피리딘 30미리그램, 즉 니코틴을 멀더에게 투여해보자고 합니다.

2주일 후, 멀더가 보고서를 쓰고 있습니다. 스컬리가 들어와 몰리 연초에서 이번 사건 파일을 요청했다며 이야기를 해 줍니다. 니코틴이 강력한 살충제라는 사실에 착안해서 멀더에게 투여했고, 투여 순간 심장이 멈춰서 다들 긴장했지만 결국 벌레를 죽였다는 것입니다. 그러자 완전히 목이 쉬어버린 멀더는 갑자기 서랍 안에서 아침에 사 왔다며 담뱃갑을 꺼내 보여줍니다. 스컬리는 눈이 화등잔만해지고, 멀더는 아쉽다는 듯이 쓰레기통에 담배를 버립니다. 스키너가 호출했으니 얼른 오라는 말에 멀더는 스컬리를 먼저 올려 보냅니다. 그리고 미묘한 눈초리로 쓰레기통에 버린 담뱃갑을 쳐다봅니다.